Josef Petr Ondok (1926–2003) se narodil v jihočeských Mydlovarech. Maturoval na Jirsíkově klasickém gymnáziu v Českých Budějovicích (1946) a poté studoval teologii v brněnském semináři a filosofii na Masarykově univerzitě. Po zrušení seminářů v roce 1950 dokončil teologii soukromě a v červnu 1951 tajně přijal kněžské svěcení. Studium filosofie však dokončit nestihl, jelikož byl v září 1951 zatčen a z politických důvodů vězněn až do května 1963. Po amnestii pracoval jako stavební dělník v JZD a od roku 1966 jako technik v Botanickém ústavu ČSAV v Třeboni. V době politického uvolnění na konci 60. let dokončil v Brně své vysokoškolské vzdělání a získal doktorát z logiky u Pavla Materny prací o interogativní logice (1969). Jako odborný a později vědecký pracovník, který se specializoval na aplikaci matematického modelování a systémové analýzy pro ekologické procesy, působil v třeboňském Botanickém ústavu do roku 1991. Téhož roku vyhověl žádosti zakladatelů Teologické fakulty Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích a ujal se přednášek z filosofie a etiky. Současně působil i na Biologické fakultě téže univerzity, kde se habilitoval pro obor ekologie.